Sus trabajos le permitieron recibir una pensión de la Junta de Ampliación de Estudios para estudiar en el Reino Unido, pero no pudo disfrutarla por el estallido de la Guerra Civil española, en la que se posicionó como otros investigadores del Instituto, a favor del gobierno republicano. Tras aquel conflicto fue condenada a doce años de prisión por la dictadura franquista, siendo acusada de participar en la fabricación de armamento para el ejército republicano, aunque no cumplió los años de cárcel por completo. Una vez liberada se movió en círculos antifranquistas, lo cual le supuso una nueva condena en 1945. En este caso le pedían pena de muerte, este mensaje fue transmitido muy rápido, lo que hizo que el Comité Internacional de Mujeres Antifascistas solicitó personarse en el juicio. A aquel juicio asistió Irene Joliot-Curie, que había ganado un Premio Nobel de Química. Esto demuestra el reconocimiento científico que había logrado María Teresa.